Система внутреннего контроля служит цели обеспечения достоверности информации в организации, контроля за выполнением решений и предотвращению возможных злоупотреблений. На первый взгляд это очень похоже на контроллинг, и действительно, две системы во многом пересекаются и используют во многом общие ресурсы, но каждая из них создается с совершенно разной целью. В связи с этим система внутреннего контроля и система контроллинга имеют принципиальные отличия. Стоит упомянуть что если наличие поставленного в организации контроллинга определяется только потребностями самой компании, то наличие внутреннего контроля является обязательным при прохождении аудита по МСФО.
Разработка и внедрение системы внутреннего контроля должно производится специалистами числящимися в отдельном звене организации. Высшему менеджменту компании и даже сосбственникам следует позаботится об этом. Если выделенные для разработки и внедрения специалисты будут подвержены влиянию персон различного уровня из других подразделений компаний, то можно считать что система внутреннего контроля не будет разработана и внедрена должным образом. Так как высший менеджмент компании, как и собственники, совсем не обязательно являются профессионалами в области внутреннего контроля, то им будет сложно идентифицировать возможные недостатки. Это создает опасный прецендент, когда высшее звено и собственники уверены, что СВК есть, тогда как на самом деле она не выполняет свои функции.
По причине обычно возникающих серьезных трений разработчиков системы внутреннего контроля и встречаемым ими противодействием со стороны персон, обладающими определенным влиянием в компании, очень часто разработку СВК поручают привлекаемым на время специалистам или Компаниям специализируещимся на оказании подобного рода услуг. В этом случае привлеченные специалисты не имеют никаких интересов в компании и заинтересованы в быстром выполнении проекта. Разработанная ими система внутреннего контроля может быть внедрена уже внутренними специалистами. Так как выполнение части функций разработанной системы будет изо всех сил блокироваться под разного рода предлогами, вероятно разработанная СВК подвергнется упрощению. Однако в этом случае заказчик СВК будет, как минимум, информирован и знать о слабых точках внедренной системы.